Las distintas fases del proceso de elaboración del aceite de oliva se pueden esquematizar como sigue:

- Recepción, lavado y almacenamiento del fruto.

- Preparación de la pasta de la que se extraerá por molienda y batido.

- Separación del orujo o fase sólida de la mezcla de aceite y agua de vegetación (alpechín) o fase líquida, por presión o por centrifugación.

- Separación del aceite del agua por decantación o por centrifugación.

- Almacenamiento de aceite obtenido.

Para asegurar la calidad de los aceites de oliva es preciso contar, al menos, con dos áreas de recepción una para los frutos que potencialmente puedan proporcionar aceite de calidad, es decir, aceitunas sanas, cogidas del árbol en un estado estado de madurez uniforme, etc. y otra para los frutos que dificilmente puedan proporcionar buenos aceites (procedentes del suelo, atacados por enfermedades, etc.). Inmediatamente se debería de pasar a la fase de limpieza y lavado, pero de ser necesario almacenar, porque la almazara no tuviera suficiente capacidad de almacenamiento, sería la aceituna de mala calidad la que debería almacenarse ("atrojarse").

Tradicionalmente el agricultor ha limpiado el fruto en el campo mediante la utillización de cribas, pero esta limpieza no es completa, de tal manera que el fruto entra en la almazara con una gran cantidad de impurezas, hojas, ramas, barro, que es preciso eliminar. Para ello, en primer lugar se utilizan limpiadoras que, mediante corriente de aire y tamices vibrantes, eliminan hojas, ramas, etc. y luego, si es preciso, se usan lavadoras que eliminan piedras, polvo...

Después de las lineas de limpieza y lavado se situan las básculas para la toma de muestras y el pesado de los frutos, con el fin de pagar a los agricultores según los kilogramos de aceitunas entregados. Una vez limpio y pesado el fruto se almacena en tolvas en espera de la molienda. Es muy importante que el tiempo de almacenamiento o atrojado sea lo más corto posible -lo ideal es un tiempo inferior a las 24 horas- para evitar alteraciones de la aceituna que producirían aceites de mayor acidez, menor estabilidad (que se enracian antes) y peor sabor.

El aceite se encuentra en la aceituna en forma de gotitas y para extraerlo es necesaria una molienda del fruto para destruir los tejidos vegetales que almacenan dichas gotas. Esta operación puede hacerse por distintos procedimientos. Tradicionalmente se utilizaban los molinos de ruedos o empiedros que van siendo sustituidos por los molino metálicos, usualmente de martillos. La molturación se produce por presión de los rulos sobre la solera en los empiedros o por acción de los martillos que giran muy deprisa, al golpear la aceituna introducida de la cámara. En ambos casos se obtiene una pasta, más o menos fina dependiendo del grado de molturación. Si el grado de molienda es demasiado grueso el rendimiento industrial es demasiado bajo y si por el contrario es execivamente fino se pueden formar emulsiones dificiles de tratar.

La pasta se introduce entonces en una batidora, que es un depósito de capacidad variable, cuya misión es voltear la masa para facilitar la separación del aceite en los siguientes procesos de elaboración. En esta operación de batido es necesario es necesario calentar la masa para favorecer la separación del aceite. No obstante, un exeso de es muy perjudicial para la calidad del aceite obtenido.

Según la variedad de la aceituna y el índice de madurez con el que se haya recogido, pueden aparecer las llamadas "pastas dificiles", en estos casos está autorizado el uso de microtalco natural y otras sustancias y otras sustancias que mejoran las características de las pastas y que se adicionan al principio del batido.

Despues del batido la pasta está preparada para ser procesada por presión (según el sistema tradicional) o por centrifugación (según el sistema continuo) y extraer el aceite.

Hasta hace relativamente pocos años todas las almazaras utilizaban el sistema de extracción por presión que consiste en la separación de la parte líquida de la pasta, costituida por la mezcla del aceite con el alpechín de las aceitunas, del orujo o parte sólida mediante un proceso de filtrado favorecido por la presión. La prensa más común consiste en dos puentes de fundición unidos por cuatro columnas de acero y un émbolo que se mueve dentro de un cilindro. La pasta se va repartiendo encima de unos discos porosos de material plástico o de fibra vegetal que reciben el nombre de capachos. Los capachos con pasta se van apilando unos encima de otros hasta formar una torre que se denomina cargo. Para que el cargo sea vertical los capachos llevan un orificio central y se introducen en una aguja metálica. Cuando el cargo está dentro de la prensa se aplica la presión a la parte inferior comprimiendo los capachos contra el puente superior, esta presión favorece la salida del mosto oleoso separándolo del orujo.

Progresivamente el sistema de prensado se ha ido sustituyendo por un sistema de centrifugación, de tal manera que las almazaras están cambiando las prensas tradicionales por unas centrifugas horizontales que se denominan decánteres. Al someter a centrifugación una mezcla constituida por elementos de distinta densidad, las distintas sustancias que componen la mezcla se separan en capas en función de su densidad. En nuestro caso la mezcla estaría constituida, en orden de densidad de mayor a menor, por orujo, alpechín y aceite. Actualmente los decanteres tiene dos salidas, una por la que sale el aceite (parcialmente mezclado con alpechín) y la otra por la que sale la mezcla de orujo y alpechín.

Independientemente del sistema utilizado ya tenemos separada la parte sólida de la pasta de la parte líquida. En el sistema de centrifugación la cantidad de alpechín que lleva el aceite es inferior al obtenido por el sistema de prensas, lo que hace que la calidad del aceite sea mejor al pasar menos tiempo en contacto con las aguas de vegetación que pueden comunicar malos olores y sasbores al aceite. La siguiente fase del proceso consiste en separar las partes líquidas entre sí, es decir, que se va a separar el aceite del agua. Esto se puede hacer mediante tres sistemas: decantación, centrifugación y sistema mixto.

La decantación es la forma tradicional de separar el aceite del alpechín en el sistema de prensas. El fundamento de este método se basa en la diferencia de densidad entre el agua y el aceite lo que hace que este último tienda a flotar mientras que el agua se queda en la parte inferior. Los decantadores o pozuelos son una serie de depósitos con la base cónica construidos de un material inerte. La pendiente del fondo no debe ser inferior a los treinta grados para favorecer un correcto sangrado (vaciado) de los sólidos y alpechines.

Tambien puede separarse el aceite del alpechín utilizando centrifugas verticales.

El fundamento es el mismo que el de los decánteres. Se utilizan mayoritariamente en sistemas continuos de elaboración.

El empleo exclusivo de la decantación plantea dos problemas: la necesidad de un gran número de pozuelos y un prolongado contacto del aceite con el alpechín, que deteriora el aceite. por otra parte, el empleo exclusivo de centrifugas también plantea problemas, ya que son caras y los aceites son sometidos a una fuerte aireación que disminuye la estabilidad de los mismos. Dadas las ventajas e inconvenientes de ambos sistemas, hoy en día se está generalizando el sistema mixto: primero decantación y posterior centrifugación.

Una vez obtenido el aceite es preciso almacenarlo sin que durante el tiempo que dure este proceso disminuya la calidad del aceite. Para ello, los depósitos han de consytruirse de materiales impermeables al aceite e inertes para que no comuniquen sabores ni olores extraños, deben proteger de la luz y del aire y mantener la temperatura casi constante alrededor de los 15 ó 20 grados evitando los cambios bruscos de temperatura.